130 pikomeetrit!
Süsiniku aatomi tuuma ümber on kuus elektroni ning tuumas on kuus prootonit ja tavaliselt ka kuus neutronit. Kui mõõta süsiniku aatomit sama moodi nagu selle saidi vesiniku aatomit, see tähendab kahekordse kaugusena, kus välimisi elektrone kõige tõenäolisemalt leidub, on aatomi läbimõõt umbes 0,13 nanomeetrit ehk 130 pikomeetrit. Nanomeeter on meetri miljardik ja pikomeeter on nanomeetri tuhandik.
Aatomil ei ole jäika kuju ega kindlat suurust, mistõttu saab seda määratleda mitmel viisil ja iga viis annab erineva arvu. Siinne arv tuleneb arvutustest, mis näitavad, kus elektronid kõige tõenäolisemalt asuvad. Süsiniku kuuest elektronist kaks püsivad tuuma lähedal ja ülejäänud neli asuvad kaugemal, nagu näitab ka selle saidi pilt. Välimised neli elektroni asuvad kõige tõenäolisemalt umbes 65 pikomeetri kaugusel tuumast, mistõttu on aatomi läbimõõt umbes 130 pikomeetrit.
Molekulides olevate aatomite puhul kasutavad keemikud sageli teist mõõtu. Kovalentne raadius on pool kahe seotud aatomi keskpunktide vahelisest kaugusest. Kaks lihtsidemega seotud süsiniku aatomit asuvad keskmiselt 154 pikomeetri kaugusel teineteisest, seega on selle mõõdu järgi süsiniku aatomi läbimõõt umbes 150 pikomeetrit.
Van der Waalsi raadius mõõdab hoopis seda, kui lähedale võivad kaks eraldi aatomit jõuda, enne kui nad teineteist eemale tõukavad. Selle mõõdu järgi on süsiniku aatomi läbimõõt umbes 340 pikomeetrit.
Süsiniku aatomid moodustavad tavaliselt neli sidet ja saavad omavahel ühenduda mitmesuguse pikkusega ahelateks. Just see võime moodustada eri pikkusega ahelaid teebki süsiniku elu jaoks hädavajalikuks. Kaksikside tõmbab kaks süsiniku aatomit lihtsidemest lähemale, 134 pikomeetri kaugusele, ja kolmikside 120 pikomeetri kaugusele.
Puhas süsinik esineb mitmes vormis, näiteks teemandina, grafiidina ja grafeenina. Teemant on piisavalt kõva, et lõigata kivi, grafiit aga on pehme. Grafeen on süsiniku aatomite kiht, mis on vaid ühe aatomi paksune ja milles aatomid on seotud kuusnurkade mustrisse nagu kanavõrk.
Üksikud süsiniku aatomid on valgusmikroskoobi jaoks liiga väikesed, kuid elektronmikroskoopidega on neid nähtud. 2008. aastal tegid Lawrence Berkeley riikliku labori teadlased TEAM 0.5 mikroskoobiga pilte, millel on näha iga süsiniku aatom grafeenikihis. Grafeen on õrn, seepärast kasutasid nad leebemat, väiksema energiaga elektronkiirt, mis eristas siiski detaile, mis asusid üksteisest 1 ångströmi (100 pikomeetri) kaugusel.
Süsinik annab mõõdu ka aatomite kaalumisele. Alates 1960. aastast on süsinik-12, kuue neutroniga süsiniku vorm, olnud aatommasside võrdlusalus. Kasutatav ühik dalton on määratletud kui üks kaheteistkümnendik süsinik-12 aatomi massist. Maal leiduvast süsinikust on umbes 99% süsinik-12.