ذرة الهيدروجين أبسط الذرات: إلكترون واحد يمسكه بروتون واحد. ويبلغ عرضها نحو 0.11 نانومتر، أي 110 بيكومترات، مقيسًا بوصفه ضعف نصف قطر بور. والنانومتر جزء من مليار من المتر، والبيكومتر جزء من ألف من النانومتر.
ليس للذرة حافة صلبة. ولا يسلك إلكترونها مسارًا ثابتًا كما يفعل الكوكب. بل تصفه فيزياء الكم بأنه سحابة احتمالات: فالإلكترون يرجح وجوده أكثر عند مسافة معينة من النواة، ويقل ترجيح وجوده كلما ابتعد. ولذلك يعرّف الكيميائيون حجم الذرة بطرق عدة، وتعطي كل منها رقمًا مختلفًا.
والرقم المعروض هنا هو ضعف نصف قطر بور. ونصف قطر بور، وقيمته 52.9 بيكومتر، هو المسافة من البروتون التي يرجح أن يوجد الإلكترون عندها أكثر من غيرها. وضعف ذلك 106 بيكومترات، ويُقرَّب إلى 110. والاسم تكريم لنيلز بور، الذي وضع في نموذجه للذرة عام 1913 الإلكترون في مدار دائري نصف قطره هذه القيمة بالضبط.
وتعطي تعريفات أخرى أحجامًا أخرى. فتفصل 74 بيكومترًا بين مركزي ذرتي هيدروجين ارتبطتا في جزيء. ويستند مقياس آخر، هو نصف قطر فان دير فالس، إلى مدى اقتراب ذرتين منفصلتين إحداهما من الأخرى قبل أن تدفع كل منهما الأخرى بعيدًا. وبهذا المقياس يبلغ عرض ذرة الهيدروجين نحو 220–240 بيكومترًا.
الهيدروجين أكثر العناصر وفرة في الكون. وتبلغ نسبة الهيدروجين في الشمس نحو 75% من حيث الكتلة. وفي درجات حرارة الشمس المرتفعة تندمج أنوية الهيدروجين معًا لتكوّن الهيليوم، مطلقةً كميات هائلة من الطاقة. وعلى الأرض يوجد معظم الهيدروجين في الماء.
تسمى ذرات العنصر نفسه التي يختلف عدد نيوتروناتها نظائر. وفي أكثر من 99.97% من ذرات الهيدروجين على الأرض تكون النواة بروتونًا وحيدًا بلا نيوترونات. وفي عام 1931 رصد هارولد يوري وزملاؤه في جامعة كولومبيا شكلًا أندر، هو الديوتيريوم، وكتلته نحو ضعف كتلة الشكل الشائع.
ولشكل ثالث، هو التريتيوم، نيوترونان إلى جانب بروتونه. وهو مشع، وينحل نصف أي عينة منه كل 12.3 سنة. ويتكوّن التريتيوم طبيعيًا في أعالي الغلاف الجوي، حين تصطدم الأشعة الكونية بجزيئات النيتروجين في الهواء.